it-swarm.com.ru

Перебирая содержимое файла в Bash

Как перебрать каждую строку текстового файла с помощью Bash ?

С помощью этого скрипта:

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

Я получаю этот вывод на экране:

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

(Позже я хочу сделать что-то более сложное с $p, чем просто выводить на экран.)


Переменная среды Shell имеет вид (из env):

Shell=/bin/bash

/bin/bash --version вывод:

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat /proc/version вывод:

Linux version 2.6.18.2-34-default ([email protected]) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

Файл peptides.txt содержит:

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL
1148
Peter Mortensen

Один из способов сделать это:

while read p; do
  echo "$p"
done <peptides.txt

Как отмечалось в комментариях, это имеет побочные эффекты от обрезания начальных пробелов, интерпретации последовательностей обратной косой черты и пропуска задней строки, если в ней отсутствует завершающий перевод строки. Если это проблемы, вы можете сделать:

while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ]
do
  printf '%s\n' "$p"
done < peptides.txt

В исключительных случаях, если тело цикла может считываться из стандартного ввода , вы можете открыть файл, используя другой файловый дескриптор:

while read -u 10 p; do
  ...
done 10<peptides.txt

Здесь 10 - просто произвольное число (отличное от 0, 1, 2).

1813
Bruno De Fraine
cat peptides.txt | while read line
do
   # do something with $line here
done
354
Warren Young

Опция 1a: Цикл while: Одна строка за раз: перенаправление ввода

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
echo Start
while read p; do 
    echo $p
done < $filename

Опция 1b: Цикл "В то время как
Откройте файл, прочитайте из файлового дескриптора (в данном случае файловый дескриптор # 4).

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
exec 4<$filename
echo Start
while read -u4 p ; do
    echo $p
done

Вариант 2: Для цикла: чтение файла в одну переменную и анализ.
Этот синтаксис будет анализировать "строки" на основе любого пробела между токенами. Это все еще работает, потому что указанные строки входного файла являются токенами одного слова. Если бы в строке было больше одного токена, этот метод не работал бы. Кроме того, чтение полного файла в одну переменную не является хорошей стратегией для больших файлов.

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
filelines=`cat $filename`
echo Start
for line in $filelines ; do
    echo $line
done
131
Stan Graves

Это не лучше, чем другие ответы, но это еще один способ выполнить работу в файле без пробелов (см. Комментарии). Я нахожу, что мне часто нужны однострочные, чтобы копаться в списках в текстовых файлах без дополнительного шага использования отдельных файлов скриптов.

for Word in $(cat peptides.txt); do echo $Word; done

Этот формат позволяет мне поместить все это в одну командную строку. Измените часть "echo $ Word" на любую другую, и вы сможете вводить несколько команд, разделенных точками с запятой. В следующем примере содержимое файла используется в качестве аргументов для двух других сценариев, которые вы, возможно, написали.

for Word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $Word; cmd_b.py $Word; done

Или, если вы намереваетесь использовать это как потоковый редактор (learn sed), вы можете вывести вывод в другой файл следующим образом.

for Word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $Word; cmd_b.py $Word; done > outfile.txt

Я использовал их, как написано выше, потому что я использовал текстовые файлы, где я создал их по одному слову в строке. (См. Комментарии) Если у вас есть пробелы, которые вы не хотите разбивать словами/строками, это становится немного уродливее, но та же команда по-прежнему работает следующим образом:

OLDIFS=$IFS; IFS=$'\n'; for line in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $line; cmd_b.py $line; done > outfile.txt; IFS=$OLDIFS

Это просто говорит Shell, чтобы разделить только на новые строки, а не пробелы, а затем возвращает среду обратно к тому, что было ранее. На этом этапе вы можете рассмотреть возможность помещения всего этого в сценарий оболочки, а не втискивать его в одну строку.

Удачи!

70
mightypile

Еще несколько вещей, не охваченных другими ответами:

Чтение из файла с разделителями

# ':' is the delimiter here, and there are three fields on each line in the file
# IFS set below is restricted to the context of `read`, it doesn't affect any other code
while IFS=: read -r field1 field2 field3; do
  # process the fields
  # if the line has less than three fields, the missing fields will be set to an empty string
  # if the line has more than three fields, `field3` will get all the values, including the third field plus the delimiter(s)
done < input.txt

Чтение из вывода другой команды с использованием подстановки процесса

while read -r line; do
  # process the line
done < <(command ...)

Этот подход лучше, чем command ... | while read -r line; do ..., поскольку цикл while здесь выполняется в текущей оболочке, а не в подоболочке, как в случае последней. Смотрите соответствующий пост переменная, измененная внутри цикла while, не запоминается .

Чтение из ввода с нулевым разделением, например find ... -print0

while read -r -d '' line; do
  # logic
  # use a second 'read ... <<< "$line"' if we need to tokenize the line
done < <(find /path/to/dir -print0)

Связанные чтения: BashFAQ/020 - Как я могу найти и безопасно обрабатывать имена файлов, содержащие переводы строк, пробелы или оба?

Чтение из более чем одного файла одновременно

while read -u 3 -r line1 && read -u 4 -r line2; do
  # process the lines
  # note that the loop will end when we reach EOF on either of the files, because of the `&&`
done 3< input1.txt 4< input2.txt

Основано на @ chepner's ответе здесь :

-u является расширением bash. Для совместимости с POSIX каждый вызов будет выглядеть примерно так: read -r X <&3.

Чтение всего файла в массив (версии Bash ранее до 4)

while read -r line; do
    my_array+=("$line")
done < my_file

Если файл заканчивается неполной строкой (в конце отсутствует новая строка), то:

while read -r line || [[ $line ]]; do
    my_array+=("$line")
done < my_file

Чтение всего файла в массив (версии Bash 4x и выше)

readarray -t my_array < my_file

или же

mapfile -t my_array < my_file

А потом

for line in "${my_array[@]}"; do
  # process the lines
done

Похожие сообщения:

58
codeforester

Используйте цикл while, например так:

while IFS= read -r line; do
   echo "$line"
done <file

Заметки:

  1. Если вы не установите IFS правильно, вы потеряете отступ.

  2. Вы должны почти всегда использовать опцию -r с read.

  3. Не читать строки с for

42
Jahid

Предположим, у вас есть этот файл:

$ cat /tmp/test.txt
Line 1
    Line 2 has leading space
Line 3 followed by blank line

Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    
Line 6 has no ending CR

Существует четыре элемента, которые изменят значение вывода файла, читаемого многими решениями Bash:

  1. Пустая строка 4;
  2. Начальные или конечные пробелы в двух строках;
  3. Сохранение значения отдельных строк (то есть каждая строка является записью);
  4. Строка 6 не заканчивается CR.

Если вы хотите, чтобы текстовый файл построчно включал в себя пустые строки и завершающие строки без CR, вы должны использовать цикл while и у вас должен быть альтернативный тест для последней строки.

Вот методы, которые могут изменить файл (по сравнению с тем, что возвращает cat):

1) Потерять последнюю строку, а также начальные и конечные пробелы:

$ while read -r p; do printf "%s\n" "'$p'"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space'

(Если вместо этого вы используете while IFS= read -r p; do printf "%s\n" "'$p'"; done </tmp/test.txt, вы сохраняете начальные и конечные пробелы, но по-прежнему теряете последнюю строку, если она не заканчивается на CR)

2) Использование процесса подстановки с cat будет считывать весь файл за один раз и теряет значение отдельных строк:

$ for p in "$(cat /tmp/test.txt)"; do printf "%s\n" "'$p'"; done
'Line 1
    Line 2 has leading space
Line 3 followed by blank line

Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    
Line 6 has no ending CR'

(Если вы удалите " из $(cat /tmp/test.txt), вы прочитаете файл Word by Word, а не один глоток. Также, вероятно, не то, что предназначено ...)


Самый надежный и простой способ прочитать файл построчно и сохранить все пробелы:

$ while IFS= read -r line || [[ -n $line ]]; do printf "'%s'\n" "$line"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'    Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    '
'Line 6 has no ending CR'

Если вы хотите убрать ведущие и торговые пробелы, удалите часть IFS=:

$ while read -r line || [[ -n $line ]]; do printf "'%s'\n" "$line"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space'
'Line 6 has no ending CR'

(Текстовый файл без завершающего \n, хотя и довольно распространенный, считается сломанным в POSIX. Если вы можете рассчитывать на конечный \n, вам не нужен || [[ -n $line ]] в цикле while.)

Больше на BASH FAQ

13
dawg

Если вы не хотите, чтобы ваше чтение прерывалось символом новой строки, используйте -

#!/bin/bash
while IFS='' read -r line || [[ -n "$line" ]]; do
    echo "$line"
done < "$1"

Затем запустите скрипт с именем файла в качестве параметра.

13
Anjul Sharma
#!/bin/bash
#
# Change the file name from "test" to desired input file 
# (The comments in bash are prefixed with #'s)
for x in $(cat test.txt)
do
    echo $x
done
4
Sine

Вот мой реальный пример того, как зацикливать строки выходных данных другой программы, проверять подстроки, удалять двойные кавычки из переменной, использовать эту переменную вне цикла. Я предполагаю, что довольно многие задают эти вопросы рано или поздно.

##Parse FPS from first video stream, drop quotes from fps variable
## streams.stream.0.codec_type="video"
## streams.stream.0.r_frame_rate="24000/1001"
## streams.stream.0.avg_frame_rate="24000/1001"
FPS=unknown
while read -r line; do
  if [[ $FPS == "unknown" ]] && [[ $line == *".codec_type=\"video\""* ]]; then
    echo ParseFPS $line
    FPS=parse
  fi
  if [[ $FPS == "parse" ]] && [[ $line == *".r_frame_rate="* ]]; then
    echo ParseFPS $line
    FPS=${line##*=}
    FPS="${FPS%\"}"
    FPS="${FPS#\"}"
  fi
done <<< "$(ffprobe -v quiet -print_format flat -show_format -show_streams -i "$input")"
if [ "$FPS" == "unknown" ] || [ "$FPS" == "parse" ]; then 
  echo ParseFPS Unknown frame rate
fi
echo Found $FPS

Объявление переменной вне цикла, установка значения и использование его вне цикла требует done <<< "$ (...)" синтаксис. Приложение должно быть запущено в контексте текущей консоли. Кавычки вокруг команды сохраняют новые строки выходного потока.

Соответствие цикла для подстрок затем читает имя = значение пара, разбивает правую часть последнего символа =, удаляет первую кавычку, удаляет последнюю кавычку, мы должны получить чистое значение используется в другом месте.

3
Whome

@ Питер: Это может сработать для вас

echo "Start!";for p in $(cat ./pep); do
echo $p
done

Это вернет результат

Start!
RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL
0
Alan Jebakumar